我们知道，《黄帝内经》作为中医学的鼻祖，其理论思想已经形成并发展了几千年，难免会有历史的印记，存在不正确的地方。正因为它形成的年代早，所以近现代以来，尤其是西方现代医学进入我国以后，中医理论受到了西医理论的广泛质疑。的确，不能否认，受历史发展的制约，其确实存在局限性。
但是，《黄帝内经》所倡导的理论体系，真的就完全是“谬论”吗?答案当然是否定的。用辩证的观点来看，现代科学也有其局限性，我们同样可以大胆地设想：现代科学，还没有发展到可以证实整个《黄帝内经》理论体系的阶段。在确定其“确实为真”或“确实为假”之前，我们不妨广泛地辩论，伟人也说过，真理越辩越明嘛。
《黄帝内经》的理论体系，公认的可以有如下七点：整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、治未病、运气学说。这其中，阴阳五行、藏象经络和运气学说是受诟病最严重的，但是七者之中，有一个是完全符合现代科学观点的，你知道是哪一个吗？
那就是“整体学说”！尽管“黄帝内经”的其它思想为西医所质疑，但是这一点，恐怕是西医也无法从任何角度加以指责的，甚至某种程度上，近年来，西医还在开始“学习”这个整体观念。为什么这么说呢？
我们知道，《黄帝内经》的整体观念认为，人体所有的脏腑、经络，甚至皮毛，都有千丝万缕的联系，不是绝对独立的。“牵一发而动全身”这种观点无处不在。比如“提壶揭盖法”治疗产后小便不利，用人参提升气机，用车前子利水，大多收到良效；用“釜底抽薪法”的大承气汤治疗“阳明腑实证”，都是非常经典的“整体观念”指导下的产物。
而西医在整体观念上反而有所欠缺，“头痛医头，脚痛医脚”可能是中医反驳西医最有力的说法。记得有个故事：有个人在战场上被箭射中，医院，首先看的是外科，外科医生用剪刀吧皮肤外的箭身剪掉，告诉病人：剩下的去看内科，让内科医生处理。虽然这只能是个笑话，但一定程度上说明了西医分科太细带来的弊端。
比较真实的当属“阑尾”这个问题了，曾经有过一段时间，西方医学认为，阑尾对人体毫无用处，它的存在除了可能让人患上阑尾炎之外，没有任何的好处。建议在出生时就手术割掉它，那样就不会患风险较大的阑尾炎了。这在日本等发达国家就出现过。这种只看到阑尾的功能无用，忽视“切割阑尾给身体带来的伤害的学说观点，几乎可以用“走火入魔”来形容了。幸好后来发现阑尾和免疫功能有关，那种势头才被遏制。
另外，西医越来越发达，临床分工也越来越细，这恐怕也是最为病人所反感的。比如西医学认为，肝属于血液系统器官，胆属于消化系统器官，如此分门别类，那么难以避免地出现只重视某个脏器的主要功能，而忽视其次要功能，这应该也算一个隐患吧。
近年来，西医学已认识到“过分重视局部、忽视整体”的弊端，开始逐渐改善了，甚至国外的医学界也承认，这方面应该向中医观念学习。
